En el curso de Microbiología Ambiental se estudian los microorganismos como habitantes naturales de los ecosistemas, ya sea como contaminantes o como biorremiediadores en el aire, agua, suelo y vegetación. El estudiante conocerá la relevancia y diversidad de los microorganismos, así como las consecuencias de su interacción en el ecosistema, destacando la utilidad de los microorganismos en la preservación del medio ambiente
Los conocimientos en microbiología del aire, microbiología del suelo, permiten trabajar en procesos de corrosión, microbiología de ambientes extremos, manejo de residuos sólidos, degradación de xenobióticos, detoxificación de recalcitrantes y bioquímica de la degradación de hidrocarburos, humedales y fitorremediación, tratamiento aeróbico y anaeróbico de aguas residuales, entre otros.
Adicionalmente, los estudiantes de Microbiología Ambiental conocen y aprenden acerca de los grupos indicadores más relevantes para el estudio de calidad en aguas asociados con contaminación de origen fecal y el uso de diferentes modelos biológicos, para evaluar los efectos de los contaminantes mediante ensayos de toxicidad aguda.